EXPERT EN CONCEPTION ET DEVELOPPEMENT DE BIOPUCES
Nous réalisons les biopuces depuis le design des sondes jusqu’à l’analyse des données et nous mettons à disposition l’équipement nécessaire pour réaliser les expériences de puces à ADN ainsi que le personnel pour analyser les données.
Nous disposons d’une technologie brevetée de fonctionnalisation des supports permettant l’accroche maximalisée des sondes dans un environnement « 3D ». Cette technologie optimise le rapport signal / bruit résultant de l’hybridation des sondes ce qui permet d’augmenter considérablement la sensibilité de la puce DendrisCHIP.
Du design à l’analyse
Design des sondes
Nous pouvons réaliser vos puces à façon après avoir défini ensemble leur contenu, le système biologique, le type de sondes et la quantité de lames à produire.
Les sondes oligonucléotidiques, si elles ne sont pas définies par vos soins, peuvent être sélectionnées par notre bio-informaticienne au sein de bases de données publiques pour permettre l’identification des organismes recherchés lors du diagnostic.
Analyse des données
Notre expertise porte non seulement sur la technologie des biopuces mais également sur l’analyse des données. Dendris a développé une méthode d’interprétation des signaux utilisant le machine learning. Ainsi les produits Dendris sont capables de prendre en compte les évolutions des données de référence et s’adapter en permanence au contexte analysé.
La lecture des DendrisCHIPS et l’acquisition des données s’effectuent grâce au scanner DendriSCAN associé au logiciel sciREADER (Scienion) permettant la lecture de plusieurs lames simultanément. Le DendriSCAN applique une grille de lecture sur l’image pour déterminer l’intensité des différents spots grâce à une recherche automatique par le logiciel. La résolution est fixée à 5 μm par pixel. L’intégralité des données est ensuite enregistrée dans un fichier excel unique.
Le fichier ainsi obtenu est interprété par le DendriSOFT, logiciel d’Intelligence Artificielle conçu par Dendris, qui s’appuie sur une base de données constamment enrichie par les nouveaux échantillons.
Spotting
Le robot permet de déposer de très faibles quantités de solutions (300 pL) grâce à l’effet piézoélectrique. Le dépôt, réalisé avec une précision supérieure à 3 µm, prend la forme d’un spot sur la surface ciblé. Nous pouvons ainsi réaliser 140 lames ou 24 plaques format SBS, soit jusqu’à 2000 tests par run en fonction du nombre de sondes designés.
Le contrôle qualité est au cœur du système avec la détection de la présence et de l’aspect des gouttes à la sortie du capillaire avant et après le dépôt sur le support. Par ailleurs la prise de photos des zones spottées permet de contrôler la présence des spots sur le support.
sciFLEXARRAYER SX (Scienion) utilisé pour le dépôt des sondes
Exemple de projet
En 2019, Dendris signe un partenariat avec LALLEMAND / UMR pour le développement d’une biopuce pour diagnostic de l’activité fibrolytique ruminale.
Lallemand, leader mondial dans le développement, la production et la vente de levures, bactéries et ingrédients dérivés, associé à l’UMR MEDIS (Microbiologie environnement digestif et santé dépendant de l’Inra et de l’université) ont sollicité Dendris pour développer une biopuce pour l’étude du microbiote intestinal chez l’animal. Ce programme s’appuiera sur les travaux réalisées par LALLEMAND / UMR MEDIS portant sur l’identification de biomarqueurs caractéristiques de l’activité fibrolytique ruminale. L’objectif est de vérifier l’application de la technologie Dendris dans ce contexte.